Żywność ekologiczna a zdrowa żywność
Obok żywności ekologicznej, istnieje oferta produktów określanych terminem "zdrowa żywność". Są to głównie: wyroby na bazie soi
(np. pasty, konserwy, mleko, wyroby garmażeryjne), "dziki ryż", żywność wegetariańska, parafarmaceutyki, zioła, preparaty ziołowe, odżywki, suplementy witaminowe i minerałowe, żywność o obniżonej kaloryczności czy wreszcie surowce do przygotowywania dań orientalnych i wiele innych.
Termin "zdrowa żywność" może wprowadzać konsumentów w błąd, gdyż często odnosi się do produktów niewiadomego pochodzenia, których walory zdrowotne nie są potwierdzone w wiarygodny sposób. Nadużywanie tego terminu jest najczęściej wynikiem powszechnego braku wiedzy z zakresu ekologii i żywienia człowieka. Określenie "zdrowa" w kontekście żywności jest chwytem marketingowym, który jest wykorzystywany przez producentów żywności konwencjonalnej, co działa na niekorzyść producentów certyfikowanej żywności ekologicznej.

Różnorodność ekologiczna
Do prawidłowego funkcjonowania ekosystemu jest niezbędna naturalna różnorodność biologiczna (można się spotkać także z terminem bioróżnorodność).
Różnorodność biologiczna to rozmaitość form życia: wszystkich roślin, zwierząt i mikroorganizmów występujących na Ziemi; rozmaitość zgrupowań ekologicznych, biocenoz, ekosystemów i krajobrazów, rozmaitość genów obecnych w populacjach różnych gatunków.
W ekosystemach o słabym zróżnicowaniu gatunkowym (niskiej różnorodności biologicznej), przy zaniku nawet jakiegoś z pozoru nieistotnego gatunku, może dojść do daleko posuniętych konsekwencji. Zachwiana równowaga ekologiczna może doprowadzić do wyginięcia gatunków nawet masowych, zwykle ważnych gospodarczo.
Termin różnorodność biologiczna (ang. biodiversity), od Szczytu Ziemi w Rio de Janeiro w roku 1992, wpisał się w sposób wyrazisty w słownik nie tylko przyrodników, ale także polityków, ekonomistów i ludzi biznesu.

Pestycydy
Zamierzonym celem stosowania pestycydów jest niszczenie (zabijanie) form życia niekorzystnych lub szkodliwych dla człowieka. Założeniem idealnym jest pełna wybiórczość działania, tj. niszczące – toksyczne dla niepożądanych form, natomiast nieszkodliwe dla człowieka i pożytecznych zwierząt, owadów i roślin. W praktyce okazało się to nieosiągalne. Badania doświadczalne wykazały szkodliwy wpływ pestycydów na większość organizmów żywych, w tym także ludzi. Wzrastające możliwości analityczne wykazały, że człowiek i wszystkie organizmy są narażone na wpływ różnych dawek pestycydów. Od dużych do małych, często na poziomie dopuszczalnym, ale szeroko rozpowszechnionych o nieprzewidzianych skutkach odległych. Daje to tej grupie związków specjalną pozycję, także w klasyfikacji toksykologicznej. Dlatego konieczne stało się ciągłe monitorowanie tych związków w środowisku.
Badania wykazały, jak ważne jest odżywianie się produktami ekologicznymi: wraz ze  wzrostem udziału żywności produkowanej metodami ekologicznymi w diecie (nawet już od 25% ich udziału w codziennym pożywieniu), wyraźnie zmniejsza się zawartość pozostałości pestycydów w mleku matek karmiących. Ogólnie poziom pozostałości pestycydów w mleku kobiecym nie przekracza kilkunastu milionowych części grama, lecz ta wartość jest wystarczająca, by zakłócić prawidłowy przebieg początkowego rozwoju dziecka.
Dieta oparta w 80% o żywność ekologiczną obniża tę wartość kilkunastokrotnie, co znacznie zmniejsza ryzyko powstania wad rozwojowych.