Funkcjonowanie systemu kontroli i certyfikacji w rolnictwie ekologicznym jest podstawowym gwarantem dla konsumenta, że środki spożywcze znajdujące się na rynku wyprodukowane zostały zgodnie z obowiązującymi przepisami dotyczącymi rolnictwa ekologicznego i są wolne od zanieczyszczeń, takich jak: pozostałości środków ochrony roślin i hormonów, a podczas ich produkcji nie stosowano nawozów sztucznych i organizmów zmodyfikowanych genetycznie.

System kontroli i certyfikacji w rolnictwie ekologicznym stanowią:

• minister właściwy do spraw rolnictwa, jako organ upoważniający jednostki certyfikujące do prowadzenia kontroli i wydawania certyfikatów
• Inspekcja Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych sprawująca nadzór nad upoważnionymi jednostkami certyfikującymi rolnictwo ekologiczne
• upoważnione jednostki certyfikujące akredytowane w zakresie rolnictwa ekologicznego, zgodnie z Normą PN-EN 45011 "Wymagania ogólne dotyczące działania jednostek prowadzących systemy certyfikacji wyrobów".

Kontrola w ekologicznej produkcji żywności dotyczy sposobu produkcji. Pełnozakresowa kontrola w gospodarstwach i przetwórniach odbywa się najmniej raz w roku, i przeprowadzają ją upoważnione jednostki certyfikujące. Oprócz tego mają miejsce kontrole dodatkowe. Kontroli podlegają nie tylko wszystkie obiekty gospodarstwa: pola, łąki, pastwiska, wybiegi, budynki inwentarskie, urządzenia, magazyny, przechowalnie, itp., ale także dokumentacja produkcji: księgi rachunkowe, dowody zakupu środków do produkcji oraz surowców, księga gospodarstwa (lub zapisy), etykiety (i materiały reklamowe), wreszcie – bilans zbiorów (i zakupionych surowców) i sprzedaży produktów ekologicznych. Na podstawie protokołu z kontroli, jednostka certyfikująca ocenia czy gospodarstwo (lub przetwórnia) spełnia kryteria, a następnie wystawia certyfikat zgodności, upoważniający do obrotu produktami rolnictwa ekologicznego.