Kontrola w ekologicznej produkcji żywności dotyczy sposobu produkcji. Przyjmuje się, że jeśli stan środowiska nie budzi zastrzeżeń, to jakość wewnętrzna produktów rolniczych także nie budzi takich zastrzeżeń, ponieważ jest pochodną sposobu wytworzenia. Same produkty bada się tylko wtedy, gdy zachodzi uzasadnione podejrzenie ich skażenia. Jednocześnie produkty ekologiczne podlegają ogólnym przepisom prawa żywnościowego. Wymogi odnoszące się do żywności wytwarzanej metodami ekologicznymi wyróżniają ją spośród pozostałych produktów rolniczych tym, że jawny sposób produkcji jest tu istotną częścią identyfikacji, oznakowania i reklamy. W rezultacie tych działań, uzyskuje się produkty żywnościowe, które cechują się wysokimi walorami jakościowymi i zdrowotnymi, przy jednocześnie minimalnej eksploatacji zasobów naturalnych i zachowaniu różnorodności biologicznej.

System rolnictwa ekologicznego wytwarza żywność nieskażoną pozostałościami środków agrochemicznych. System opiera się na:

• niestosowaniu syntetycznych środków ochrony roślin, co ogranicza możliwość skażenia żywności ich pozostałościami
• zakazie stosowania regulatorów wzrostu oraz ograniczenia w stosowaniu leków weterynaryjnych, zmniejszający ryzyko skażenia żywności przez niepożądane substancje chemiczne
• zakazie stosowania organizmów modyfikowanych genetycznie (GMO), który wyklucza oddziaływanie tych organizmów na zdrowie człowieka i środowisko oraz poprawia rynkowy wizerunek produktu
• ograniczeniu stosowania w przetwórstwie syntetycznych środków konserwujących i polepszaczy żywności.

Właściwości umownie określone jako witalizujące, mają surowce powstające w ekosystemach naturalnych (np. rośliny dziko żyjące). Zakłada się, że analogiczne właściwości mają produkty rolnictwa ekologicznego, którego metody naśladują przyrodę.
eza o właściwościach witalizujących żywności nie jest oparta na dowodach, lecz na przesłankach.

Produkty z gospodarstw ekologicznych zawierają więcej wartościowych składników. Produkty ekologiczne zawierają więcej witamin, cukrów, skrobi, białka, a także więcej suchej masy w porównaniu z pochodzącymi z uprawy konwencjonalnej, zwłaszcza o intensywnej produkcji. Produkty rolnictwa ekologicznego posiadają lepsze właściwości przechowalnicze niż płody rolnictwa konwencjonalnego. Zawartość metali ciężkich, azotanów, azotynów, aflatoksyn, pozostałości pestycydów w żywności ekologicznej jest znacznie poniżej dopuszczalnych norm lub nie jest w ogóle wykrywana.